L'archipel comprend une douzaine d'îles, dont six sont reliées entre elles par d'étroites dunes de sable. Ce sont, du nord au sud, l'île de la Grande-Entrée, la Grosse Île, l'île aux Loups, l'île du Havre aux Maisons, l'île du Cap aux Meules et l'île du Havre Aubert. Deux autres îles de superficie importante s'ajoutent à celles déjà mentionnées: l'île d'Entrée, habitée et située à 10 km à l'est de Havre-Aubert et l'île Brion, inhabitée et située à 16 km au nord de Grosse Île. Depuis le 1er janvier 2002, les îles sont réunies en une seule municipalité: la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine.s

D'autres petites îles et îlots complètent le tableau: le Rocher-aux-Oiseaux, l'île aux Loups-marins, l'île Paquet, le rocher du Corps-Mort et quelques autres encore.